Die Rosenkreuzer betrachteten die Wandlungsvorgänge in den Retorten der Alchimisten auf dem Weg vom unedlen Metall Blei zum edlen Metall Gold als Gleichnis für die Wandlungen der menschlichen Seele auf ihrem Weg zur vollkommenen Geistseele.
Die menschliche Seele muss durch viele Wandlungen hindurch, bevor sich der Geist mit ihr verbinden kann. Diese Wandlungen vollziehen sich nicht automatisch. Sie erfordern eine intensive Anstrengung und einen regelrechten Kampf im eigenen Innern zwischen der erwachenden Seele und den sie umringenden Kräften. Es sind dies die Kräfte der irdischen, sogenannten niederen Natur – mikrokosmisch, kosmisch und makrokosmisch gesehen. Sie widerstehen der Seelenentwicklung und deren Einflüsse auf der langen Seelenreise und müssen neutralisiert werden, um Platz zu machen für die höheren, geistigen Ansichten des Kosmos.
Ein eindrückliches Gleichnis dieses Kampfes ist zu erkennen bei der Betrachtung des "Pfauenschwanzes“ in der Retorte der Alchimisten. Dabei handelt es sich um Farbumschläge in der Retorte, wenn der Alchimist die transmutativen Veränderungen der Elemente durch rhythmische Erhitzung bewusst herbeiführt. Die gelöste Materie geht dann bei gleich bleibender Hitze sanft "durch die Farben“, wie die Alchimisten sagen, und es entstehen sieben Stufen der Veränderung: gelb, grün, rot, blau, orange, indigo, violett. Der Alchimist ordnet diese Farben Planeten zu, die einerseits mit bestimmten Metallen, andererseits mit spezifischen Bewusstseinsebenen im Menschen korrespondieren.
In der ersten Stufe erblickt das beobachtende Auge bei diesem lautlosen Wandlungsspiel ein vierfach schattiertes Gelb, das in Gold übergeht. Auf der Wandlungsreise der Seele bedeutet dies die Überwindung des alten analytischen Verstandesdenkens: Der alte Verstand, der an die Einflüsse von Merkur gebunden war, weicht einer höheren merkuriellen Vernunft.
In der zweiten Stufe erkennt man den Übergang in ein vierfach schattiertes Grün. Das bedeutet für den spirituellen Prozess, dass die natürliche Liebeskraft, die der Venus zugeordnet ist, auf die Ebene der kosmischen alles umfassenden Liebe erhöht wird.
Diese beiden ersten Farbwandlungen stehen auf der seelischen Ebene für die beiden fundamentalen Einweihungen, die in der Lehre der modernen Rosenkreuzer als Voraussetzung für die weiteren Prozesse angesehen werden.
Wenn von jeweils vier Farbschattierungen gesprochen wird, dann weist das auf die vierfache Struktur des menschlichen Systems hin: den Stoffkörper, den Ätherkörper, das astrale Selbst und den Mentalkörper. Diese vier Träger zusammen bilden erst den sichtbaren Menschen, und alle vier Körper sind von den Umwandlungsprozessen gleichermaßen betroffen.
Auf der dritten Stufe erscheint in der Retorte nun ein vierfach schattiertes leuchtendes Rot. Diese markante Farbe symbolisiert den größten Kampf der reifenden Seele. Es ist der Kampf gegen den Herrschaftsanspruch des ungezügelten Eigenwillens, der dem niederen Mars zugeordnet wird. Es ist das eigentliche Ego, das als luziferisches Element seinen Machtanspruch nicht aufgeben will. Erst wenn dieser Kampf durchkämpft ist und ein reiner Mut zur Übergabe an die höheren Seelenkräfte sich durchsetzt, kann die nächste Wandlungsphase eintreten.
In der folgenden vierten Stufe wandelt sich das Farbenspiel in ein vierfach schattiertes Blau. Im spirituellen Geschehen symbolisiert diese Farbe die Überwindungsarbeit gegenüber dem Hochmut und der Eitelkeit, die mit dem alten Jupiter verbunden sind. Der Mensch, der diesen Prozess durchlebt hat, kann sich auf eine gerechte und von persönlichen Bewertungen freie Urteilskraft stützen und er besitzt das "Kleinod der Unterscheidung“.
Auf der fünften Stufe des Farbenspiels in der Retorte ist dann ein vierfach schattiertes Orange zu beobachten. Dies bedeutet für den inneren Wandlungsprozess die Überwindungsaufgabe im Hinblick auf den alten Saturn, der den Menschen in einer vermeintlichen schicksalsbestimmenden Determiniertheit festhält. In der Überwindung dieser Fesseln entsteht eine neue Freiheit und das Vermögen, selbstschöpferisch im Sinne der Alloffenbarung zu wirken.
In der Retorte wandelt sich dann auf der sechsten Stufe das Farbenspiel zum vierfach schattierten Indigo. Für die menschliche Seele, die sich nach der Vereinigung mit dem Geist sehnt, bedeutet dieses Farbsymbol die Einwirkung der Uranuskraft, deren niedere Ansicht zur Irrationalität verführt. Dieser Aspekt der niederen Uranuswirksamkeit muss überwunden werden, damit nichts mehr bleibt, was der reinen hohen Vernunft widerspricht.
Schließlich wandelt sich das Farbspektrum in der Retorte auf der siebten Stufe in ein vierfach schattiertes Violett. Das ist die Umwandlung der niederen Neptunkräfte, die den Menschen zu einem imitativen, persönlich gefärbten Gottesbild verführen.
Meister Eckhart, ein Mystiker des 14. Jahrhunderts sagt dazu: "Selbst das religiöse Bewusstsein muss entrümpelt werden. Darum bitte ich Gott, dass er mich von Gott befreie.“
In der Überwindung dieser letzten Fessel ist die Seele gereift, dem Geist zu begegnen und in der "alchymischen Hochzeit“ die Vereinigung mit ihm zu erfahren.